Endoskopi işlemi kıvrılabilir, elastik bir tüp ve ucuna eklenmiş ışıklı bir kamera ile sindirim sisteminin bazı organlarının incelenmesidir. Üst ve alt gastrointestinal sistem endoskopisi olmak üzere iki şekilde uygulanır. Üst gastrointestinal sistem endoskopisi (Özofagogastroduodenoskopi) ile yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağının iç yüzeyleri, alt gastrointestinal sistem endoskopisi (Kolonoskopi) ile kalın bağırsağın iç yüzeyleri incelenmektedir. Bu yöntem ile gerekli hallerde adı geçen organlardan biyopsi alınabilmektedir.
Tanısal endoskopilerde ortalama işlem süresi 15-20 dakikadır. Biyopsi alındığı durumlarda işlem 5-10 dakika uzayabilmektedir. İşlem öncesinde hastanın rahatlaması için damardan bir ilaç verilecektir. Bu sayede hastaların bir kısmı işlem sırasında az miktarda rahatsızlık hissetmekte, pek çoğu ise uyumaktadır.İşlemden en az 6 (altı) saat öncesine kadar hiçbir şey yiyip içmemiş olmanız gerekmektedir.